Приказом Приморского краевого управления по делам искусств № 41 при Театре юного зрителя была организована группа театра кукол.
Первой премьерой театра стал спектакль режиссера, впоследствии Народного артиста СССР, А. А. Присяжнюка по пьесе Н. Гернет и Т. Гуревич «Гусенок».
16 апреля 1940 года решением Исполнительного комитета приморского краевого совета депутатов трудящихся № 277 в целях развертывания художественного воспитания детей Приморским краевым управлением по делам искусств был создан Приморский театр кукол в городе Владивостоке.
В годы Великой Отечественной войны театр выступал в воинских частях, госпиталях, на заводах, в школах с постановкой «Оборонная программа», автором текстов для которой был советский поэт Лев Ошанин.
В 1945 году в период войны с Японией театр осуществлял бесплатные показы спектаклей для эвакуированных детей.
С 1 января 1960 года в театре кукол появилась вторая группа: одна обслуживала г. Владивосток и пионерские лагеря, а другая — Приморский край.
Вплоть до 1964 года театр не имел собственного здания. И только в середине 60-х годов театр обрел постоянное помещение на Почтовом переулке напротив Главпочтамта, в котором просуществовал более 20 лет.
С 1992 года театр возглавлял Виктор Васильевич Бусаренко. В ноябре 1993 года театр разместился в историческом здании «Новый театр» по ул. Петра Великого, 8, в котором находится по настоящее время.
Театр гастролировал в регионах Дальнего Востока, Сибири, европейской части России, Польше, Японии, Южной Корее, дважды в 1996 и 1999 годах проводил на своей базе Международный фестиваль театров кукол стран Азиатско-Тихоокеанского региона, участвовал во Всероссийских фестивалях театров кукол в Томске
и Абакане, Международных фестивалях в Японии и Южной Корее, региональных фестивалях в Комсомольске-на-Амуре, Петропавловске-Камчатском.
В 2022 году в рамках нацпроекта «Культура» впервые за долгое время проведен капитальный ремонт здания театра, стали просторнее фойе первого и второго этажей, открыта малая сцена. В ходе ремонта были сохранены уникальные элементы исторического здания, которому более 100 лет.
Сегодня театр кукол ориентируется не только на маленьких зрителей, но и на взрослых, активно развивая вечерний репертуар для семейного просмотра. Сохраняя традиции театрального искусства и, вместе с тем, используя новые тенденции и технологии, театр создает более захватывающие и впечатляющие представления, расширяет границы традиционной сцены, и стремится удивлять зрителей уникальными визуальными эффектами.